En primer lugar, tu NIE y el DNI no tienen nada que ver, no serán muy probablemente el mismo número. 

En cuanto a la situación de tu familia, no te preocupes, todo será igual, aunque con puntualizaciones. Te recomiendo que vayas inscribiendo tu matrimonio en el registro civil español, si no lo has hecho ya, para ir avanzando. En cuanto tengas la nacionalidad, puedes pedir para tus hijos la tarjeta de familiar comunitario, pasando todos ellos a este nuevo estatus. Si aún no les han concedido la tarjeta comunitaria cuando les toque renovar, haz también la renovación.

Mientras se inscribe tu matrimonio, y si obtienes la nacionalidad en el intervalo, comunicas con un escrito tu nueva situación a la oficina de extranjeros, para que la conozcan. Como no cumples el requisito de inscripción del matrimonio en el registro civil español para que tu mujer tenga también la tarjeta de familiar comunitario, seguirá con su tarjeta de reagrupación en régimen general hasta que cambie esta situación.

Espero haberte ayudado.

Un saludo.